CRISPR技术新进展：脱靶基准测试、新数据与许可协议

近期发布的多项公告凸显了CRISPR领域在脱靶检测、治疗开发及测序工作流程方面的重大进展。Danaher 旗下公司 Integrated DNA Technologies（IDT）在 Nature Communications 上发表了一项同行评审研究，为 CRISPR 脱靶位点提名建立了新的分析性能基准。研究显示，其 UNCOVERseq 工作流程在评估的方法中实现了最佳的灵敏度与精确度组合。Scribe Therapeutics 同时宣布将在即将召开的科学会议上展示其工程化 CRISPR 平台的新数据，Watchmaker Genomics 也从 Caribou Biosciences 获得了基础性 CRISPR-Cas9 知识产权许可，用于下一代测序（NGS）文库制备。

这项由IDT主导的研究题为“UNCOVERseq Enables Sensitive and Controlled Gene Editing Off-Target Nomination Across CRISPR-Cas Modalities and Systems”，结果发现，在两个用于比较的指导RNA中，UNCOVERseq 实现了97.6%的分析灵敏度和78%的精确度，是所评估方法中灵敏度与精确度综合表现最佳的方法。这项与加州大学旧金山分校科学家合作开展的研究，基于对潜在脱靶位点的靶向确认创建了方法间基准数据集，从而能够根据经验观察到的编辑情况来评估性能，而非依据方法候选列表的大小。

该研究还定义了影响脱靶位点提名的操作条件，包括生物学重复、基因组DNA投入量、测序深度、文库制备、比对标准和流程控制。研究人员发现，操作条件不足可能限制方法性能，而低精确度的方法可能产生庞大的候选列表，从而增加下游确认负担、时间和成本。该论文发表之际，美国食品药品监督管理局（FDA）正在审议关于将下一代测序和生物信息学用于人类基因组编辑产品非临床安全性研究的指南草案；该研究是独立进行的，不代表监管指南。

Scribe Therapeutics 将参加第29届美国基因与细胞治疗学会（ASGCT）年会（5月11日至15日在波士顿举行，并提供线上参会）以及第94届欧洲动脉粥样硬化学会（EAS）大会（5月24日至27日在希腊雅典举行）。在ASGCT年会上，Scribe 将进行两场口头报告和一场研讨会报告，展示其 ELXR 和 XE 基因组编辑技术的进展，包括 DeepXE，这是一个用于预测基于 XE 疗法编辑效率的人工智能 CRISPR 设计平台。在EAS大会上，该公司将展示 STX-1150 的最新突破性临床前数据，STX-1150 是一种靶向PCSK9的表观遗传沉默疗法，旨在降低低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）水平且不引起永久性DNA改变。

Watchmaker Genomics 宣布与 Caribou Biosciences 就某些基础性 CRISPR-Cas9 知识产权达成非独占许可协议，用于 NGS 文库制备。该公司利用 CRISPR-Cas9 作为可编程的化学计量结合工具来解决文库均一化问题，使用接头特异性引导RNA以受控方式结合测序就绪文库，从而无需大量定量即可实现文库输入的标准化。这种非破坏性过程保留了文库的完整性和复杂性，支持重测序或流程分支，并与现有接头及已建立的测序前工作流程兼容。Watchmaker 正在进一步将该策略应用为完整的无PCR全基因组测序解决方案的核心组成部分，该方案专为大规模人群研究、新生儿筛查和罕见病应用而设计。

Scribe 是一家生物技术公司，开发优化的体内 CRISPR 技术及基因药物，初始项目针对动脉粥样硬化性心血管疾病的驱动因素，如升高的 LDL-C、脂蛋白(a) 和甘油三酯。该公司已与 Sanofi 和 Eli Lilly 建立战略合作。Watchmaker Genomics 开发用于基因组研究和临床应用的高性能工具，重点关注癌症检测、表观遗传学和液体活检等领域。