CRISPR 기술 발전: 오프타깃 벤치마크, 신규 데이터, 라이선스 계약

최근 발표들은 오프타깃 검출, 치료제 개발, 시퀀싱 워크플로우에 걸친 CRISPR 분야의 중요한 진전을 부각한다. Danaher 계열사인 Integrated DNA Technologies(IDT)는 Nature Communications에 게재된 동료 검토 연구에서 CRISPR 오프타깃 선별을 위한 새로운 분석 성능 벤치마크를 수립했으며, UNCOVERseq 워크플로우가 평가된 방법 중 가장 강력한 민감도와 정밀도의 조합을 달성했다고 보고했다. Scribe Therapeutics는 또한 향후 학술 회의에서 자사의 엔지니어링 CRISPR 플랫폼에 대한 새로운 데이터를 발표할 것이라고 밝혔으며, Watchmaker Genomics는 차세대 시퀀싱(NGS) 라이브러리 제조에 사용하기 위해 Caribou Biosciences로부터 기초 CRISPR-Cas9 지식재산권을 라이선스했다.

IDT가 주도한 'UNCOVERseq Enables Sensitive and Controlled Gene Editing Off-Target Nomination Across CRISPR-Cas Modalities and Systems'라는 제목의 연구는 UNCOVERseq가 비교에 사용된 두 가이드 RNA에서 97.6%의 분석적 민감도와 78%의 정밀도를 제공하여 평가된 방법 중 가장 강력한 민감도와 정밀도의 조합을 달성했음을 발견했다. 캘리포니아대학교 샌프란시스코 과학자들과 함께 수행된 이 연구는 잠재적 오프타깃 부위의 표적 확인을 기반으로 한 방법 간 벤치마킹 데이터셋을 생성하여, 방법의 후보 목록 크기가 아닌 경험적으로 관찰된 편집에 대해 성능을 평가할 수 있게 했다.

이 연구는 또한 생물학적 반복, 게놈 DNA 투입량, 시퀀싱 깊이, 라이브러리 제조, 정렬 기준, 공정 관리 등 오프타깃 선별에 영향을 미치는 운영 조건을 정의한다. 연구진은 불충분한 운영 조건이 방법 성능을 제한할 수 있으며, 낮은 정밀도의 접근법은 다운스트림 확인 부담, 시간, 비용을 증가시키는 큰 후보 목록을 생성할 수 있음을 발견했다. 이 발표는 미국 식품의약국(FDA)이 인간 게놈 편집 제품의 비임상 안전성 연구에서 차세대 시퀀싱과 생물정보학 사용에 대한 초안 지침을 검토하는 시점에 나온 것이다. 이 연구는 독립적으로 수행되었으며 규제 지침을 대표하지 않는다.

Scribe Therapeutics는 5월 11일부터 15일까지 보스턴과 온라인으로 열리는 제29차 미국 유전자 및 세포 치료 학회(ASGCT) 연례 회의와 5월 24일부터 27일까지 그리스 아테네에서 열리는 제94차 유럽 죽상동맥경화학회(EAS) 학회에 참가할 예정이다. ASGCT에서 Scribe는 두 개의 구두 발표와 하나의 워크숍 발표를 통해 ELXR 및 XE 게놈 편집 기술의 발전을 조명할 예정이다. 여기에는 XE 기반 치료제의 편집 효율을 예측하는 AI 기반 CRISPR 설계 플랫폼인 DeepXE가 포함된다. EAS 학회에서는 영구적인 DNA 변화를 유도하지 않으면서 저밀도 지단백 콜레스테롤(LDL-C) 수치를 낮추도록 설계된 PCSK9 표적 후성유전적 침묵 치료제 STX-1150에 대한 늦은 발표 전임상 데이터를 발표할 예정이다.

Watchmaker Genomics는 NGS 라이브러리 제조에 사용하기 위해 Caribou Biosciences와 특정 기초 CRISPR-Cas9 지식재산권에 대한 비독점 라이선스를 체결했다고 발표했다. 이 회사는 라이브러리 정규화를 해결하기 위해 CRISPR-Cas9을 프로그래밍 가능한 화학양론적 결합 도구로 활용하고 있으며, 어댑터 특이적 가이드를 사용하여 시퀀싱 준비 라이브러리에 통제된 방식으로 결합하고 광범위한 정량화 없이 라이브러리 투입량의 표준화를 가능하게 한다. 비파괴적 공정은 라이브러리 무결성과 복잡성을 보존하고, 재시퀀싱 또는 워크플로우 분기를 지원하며, 기존 어댑터 및 확립된 시퀀싱 전 워크플로우와 호환된다. Watchmaker는 또한 이 전략을 대규모 인구 연구, 신생아 선별 검사 및 희귀 질환 적용을 위해 설계된 완전한 PCR 무함유 전장 유전체 시퀀싱 솔루션의 핵심 구성 요소로 추가 적용하고 있다.

Scribe는 향상된 LDL-C, 지단백(a), 중성지방과 같은 죽상동맥경화성 심혈관 질환의 유발 요인을 표적으로 하는 초기 프로그램을 통해 최적화된 생체 내 CRISPR 기반 기술과 유전자 의약품을 개발하는 생명공학 기업이다. 이 회사는 Sanofi 및 Eli Lilly와 전략적 협업을 구축했다. Watchmaker Genomics는 암 검출, 후성유전학, 액체 생검 등을 포함한 분야에 중점을 두고 게놈 연구 및 임상 적용을 위한 고성능 도구를 개발한다.