CRISPR : nouvelle référence pour les effets hors cible, nouvelles données et accord de licence
L’étude d’IDT a montré qu’UNCOVERseq atteignait une sensibilité de 97,6 % et une précision de 78 % pour la désignation des effets hors cible de CRISPR. Scribe présentera de nouvelles données à l’ASGCT et à l’EAS, notamment sur STX-1150. Watchmaker a obtenu une licence sur la propriété intellectuelle de CRISPR-Cas9 pour la normalisation en NGS.
De récentes annonces mettent en évidence des avancées significatives dans le paysage CRISPR, couvrant la détection des effets hors cible, le développement thérapeutique et les flux de travail de séquençage. Integrated DNA Technologies (IDT), une société de Danaher, a publié une étude évaluée par des pairs dans Nature Communications établissant une nouvelle référence de performance analytique pour la désignation des effets hors cible de CRISPR, rapportant que son flux de travail UNCOVERseq a obtenu la meilleure combinaison de sensibilité et de précision parmi les méthodes évaluées. Scribe Therapeutics a également annoncé qu’elle présentera de nouvelles données sur ses plateformes CRISPR modifiées lors de prochaines réunions scientifiques, et Watchmaker Genomics a obtenu de Caribou Biosciences une licence sur la propriété intellectuelle fondamentale de CRISPR-Cas9 pour une utilisation dans la préparation de banques pour le séquençage de nouvelle génération (NGS).
L’étude menée par IDT, intitulée « UNCOVERseq Enables Sensitive and Controlled Gene Editing Off-Target Nomination Across CRISPR-Cas Modalities and Systems », a constaté qu’UNCOVERseq offrait une sensibilité analytique de 97,6 % et une précision de 78 % pour les deux ARN guides utilisés à des fins de comparaison—la meilleure combinaison de sensibilité et de précision parmi les méthodes évaluées. La recherche, menée avec des scientifiques de l’Université de Californie à San Francisco, a créé un ensemble de données d’analyse comparative inter-méthodes basé sur la confirmation ciblée de sites hors cible potentiels, permettant d’évaluer les performances par rapport à l’édition observée empiriquement plutôt que par rapport à la taille de la liste de candidats d’une méthode.
L’étude définit également les conditions opératoires qui influencent la désignation des effets hors cible, notamment la réplication biologique, la quantité d’ADN génomique, la profondeur de séquençage, la préparation des banques, les critères d’alignement et les contrôles de processus. Les chercheurs ont constaté que des conditions opératoires insuffisantes peuvent limiter les performances de la méthode, tandis que les approches à faible précision peuvent générer de longues listes de candidats qui augmentent la charge, le temps et le coût de confirmation en aval. Cette publication intervient alors que la Food and Drug Administration (FDA) américaine examine un projet de directive sur l’utilisation du séquençage de nouvelle génération et de la bio-informatique dans les études de sécurité non cliniques pour les produits d’édition du génome humain ; l’étude a été menée de manière indépendante et ne constitue pas une recommandation réglementaire.
Scribe Therapeutics participera à la 29e réunion annuelle de l’American Society of Gene & Cell Therapy (ASGCT), qui se tiendra du 11 au 15 mai à Boston et en virtuel, ainsi qu’au 94e congrès de l’European Atherosclerosis Society (EAS), prévu du 24 au 27 mai à Athènes, en Grèce. À l’ASGCT, Scribe présentera deux communications orales et une présentation d’atelier mettant en évidence les avancées de ses technologies d’édition du génome ELXR et XE, notamment DeepXE, une plateforme de conception CRISPR basée sur l’IA pour prédire l’efficacité d’édition des thérapeutiques à base de XE. Au congrès de l’EAS, la société présentera des données précliniques de dernière minute sur STX-1150, sa thérapie de silençage épigénétique ciblant PCSK9, conçue pour réduire les taux de cholestérol à lipoprotéines de basse densité (LDL-C) sans induire de modifications permanentes de l’ADN.
Watchmaker Genomics a annoncé un accord de licence non exclusive avec Caribou Biosciences portant sur certaines propriétés intellectuelles fondamentales de CRISPR-Cas9 pour une utilisation dans la préparation de banques NGS. La société utilise CRISPR-Cas9 comme outil de liaison programmable et stoechiométrique pour traiter la normalisation des banques, en utilisant des guides spécifiques aux adaptateurs pour lier les banques prêtes à séquencer de manière contrôlée et permettre la standardisation des intrants de banques sans quantification approfondie. Ce processus non destructif préserve l’intégrité et la complexité des banques, prend en charge le reséquençage ou les ramifications de flux de travail, et est compatible avec les adaptateurs existants et les flux de travail de pré-séquençage établis. Watchmaker adapte en outre cette stratégie comme composant central d’une solution complète de séquençage du génome entier sans PCR, conçue pour les études de population à grande échelle, le dépistage néonatal et les applications relatives aux maladies rares.
Scribe est une entreprise de biotechnologie qui développe des technologies CRISPR in vivo optimisées et des médicaments génétiques, avec des programmes initiaux ciblant les facteurs de la maladie cardiovasculaire athéroscléreuse tels que l’élévation du LDL-C, la lipoprotéine(a) et les triglycérides. La société a établi des collaborations stratégiques avec Sanofi et Eli Lilly. Watchmaker Genomics développe des outils haute performance pour la recherche génomique et les applications cliniques, en se concentrant sur des domaines tels que la détection du cancer, l’épigénétique et la biopsie liquide.