Fortschritte der CRISPR-Technologie: Off-Target-Benchmark, neue Daten und Lizenzvereinbarung
Eine Studie von IDT zeigte, dass UNCOVERseq bei der Off-Target-Bestimmung für CRISPR eine Sensitivität von 97,6 % und eine Präzision von 78 % erreichte. Scribe wird auf der ASGCT und dem EAS neue Daten präsentieren, einschließlich zu STX-1150. Watchmaker hat CRISPR-Cas9-IP für die NGS-Normalisierung lizenziert.
Aktuelle Ankündigungen unterstreichen bedeutende Fortschritte in der CRISPR-Landschaft, die Off-Target-Erkennung, therapeutische Entwicklung und Sequenzierungs-Workflows umfassen. Integrated DNA Technologies (IDT), ein Unternehmen von Danaher, hat eine peer-reviewte Studie in Nature Communications veröffentlicht, die einen neuen Leistungs-Benchmark für die Off-Target-Bestimmung von CRISPR etabliert. Darin wird berichtet, dass der UNCOVERseq-Workflow die stärkste kombinierte Sensitivität und Präzision unter den bewerteten Methoden erzielte. Scribe Therapeutics kündigte außerdem an, neue Daten zu seinen optimierten CRISPR-Plattformen auf kommenden wissenschaftlichen Tagungen zu präsentieren, und Watchmaker Genomics hat grundlegendes CRISPR-Cas9-geistiges Eigentum von Caribou Biosciences für die Verwendung in der Sequenzierung der nächsten Generation (NGS) lizenziert.
Die von IDT geleitete Studie mit dem Titel „UNCOVERseq Enables Sensitive and Controlled Gene Editing Off-Target Nomination Across CRISPR-Cas Modalities and Systems" ergab, dass UNCOVERseq bei den beiden zum Vergleich verwendeten Guide-RNAs eine analytische Sensitivität von 97,6 % und eine Präzision von 78 % erzielte – die stärkste kombinierte Sensitivität und Präzision unter den bewerteten Methoden. Die Forschung, die mit Wissenschaftlern der University of California, San Francisco durchgeführt wurde, erstellte einen methodenübergreifenden Benchmarking-Datensatz, der auf gezielter Bestätigung potenzieller Off-Target-Stellen basiert. Dadurch konnte die Leistung anhand der empirisch beobachteten Editierung bewertet werden, anstatt anhand der Größe der Kandidatenliste einer Methode.
Die Studie definiert außerdem Betriebsbedingungen, die die Off-Target-Bestimmung beeinflussen, darunter biologische Replikation, genomischer DNA-Input, Sequenzierungstiefe, Bibliotheksvorbereitung, Alignment-Kriterien und Prozesskontrollen. Die Forscher fanden heraus, dass unzureichende Betriebsbedingungen die Methodenleistung einschränken können, während Ansätze mit geringer Präzision große Kandidatenlisten erzeugen können, die den nachgelagerten Bestätigungsaufwand, Zeit und Kosten erhöhen. Die Veröffentlichung erfolgt zu einem Zeitpunkt, an dem die U.S. Food and Drug Administration einen Leitlinienentwurf zur Verwendung von Sequenzierung der nächsten Generation und Bioinformatik in nichtklinischen Sicherheitsstudien für Produkte zur Genomeditierung beim Menschen erwägt. Die Studie wurde unabhängig durchgeführt und stellt keine regulatorische Leitlinie dar.
Scribe Therapeutics wird an der 29. Jahrestagung der American Society of Gene & Cell Therapy (ASGCT) teilnehmen, die vom 11. bis 15. Mai in Boston und virtuell stattfindet, sowie am 94. Kongress der European Atherosclerosis Society (EAS), der vom 24. bis 27. Mai in Athen, Griechenland, stattfindet. Auf der ASGCT wird Scribe zwei mündliche Präsentationen und eine Workshop-Präsentation halten, die Fortschritte seiner ELXR- und XE-Genomeditierungstechnologien hervorheben, einschließlich DeepXE, einer KI-gestützten CRISPR-Designplattform zur Vorhersage der Editierungseffizienz für XE-basierte Therapeutika. Auf dem EAS-Kongress wird das Unternehmen Late-Breaking-Daten aus präklinischen Studien zu STX-1150 präsentieren, seiner auf PCSK9 abzielenden epigenetischen Silencing-Therapie, die entwickelt wurde, um den LDL-Cholesterinspiegel (LDL-C) zu senken, ohne dauerhafte DNA-Veränderungen zu induzieren.
Watchmaker Genomics gab eine nicht-exklusive Lizenz mit Caribou Biosciences für bestimmte grundlegende CRISPR-Cas9-IP für die Verwendung in der NGS-Bibliotheksvorbereitung bekannt. Das Unternehmen nutzt CRISPR-Cas9 als programmierbares, stöchiometrisches Bindungswerkzeug, um die Bibliotheksnormalisierung zu adressieren. Dabei werden adapter-spezifische Guides verwendet, um sequenzierungsfertige Bibliotheken kontrolliert zu binden und eine Standardisierung der Bibliotheks-Inputs ohne umfangreiche Quantifizierung zu ermöglichen. Der nicht-destruktive Prozess erhält die Integrität und Komplexität der Bibliothek, unterstützt Re-Sequenzierung oder Workflow-Verzweigungen und ist mit vorhandenen Adaptern und etablierten Prä-Sequenzierungs-Workflows kompatibel. Watchmaker passt die Strategie weiterhin als Kernkomponente einer vollständigen PCR-freien Whole-Genome-Sequencing-Lösung an, die für groß angelegte Populationsstudien, Neugeborenen-Screening und seltene Erkrankungen entwickelt wurde.
Scribe ist ein Biotechnologieunternehmen, das optimierte In-vivo-CRISPR-Technologien und genetische Medikamente entwickelt, mit ersten Programmen, die auf Treiber der atherosklerotischen kardiovaskulären Erkrankung abzielen, wie erhöhtes LDL-C, Lipoprotein(a) und Triglyceride. Das Unternehmen hat strategische Kooperationen mit Sanofi und Eli Lilly geschlossen. Watchmaker Genomics entwickelt Hochleistungswerkzeuge für genomische Forschung und klinische Anwendungen, mit Schwerpunkt auf Bereichen wie Krebserkennung, Epigenetik und Flüssigbiopsie.