Avanços na tecnologia CRISPR: benchmark de off-target, novos dados e acordo de licenciamento

Anúncios recentes destacam avanços significativos no cenário da tecnologia CRISPR, abrangendo detecção de off-target, desenvolvimento terapêutico e fluxos de trabalho de sequenciamento. A Integrated DNA Technologies (IDT), empresa da Danaher, publicou um estudo revisado por pares na Nature Communications estabelecendo um novo benchmark de desempenho analítico para a nomeação de off-targets em CRISPR, relatando que seu fluxo de trabalho UNCOVERseq alcançou a melhor combinação de sensibilidade e precisão entre os métodos avaliados. A Scribe Therapeutics também anunciou que apresentará novos dados sobre suas plataformas de CRISPR modificadas em próximas reuniões científicas, e a Watchmaker Genomics licenciou propriedade intelectual fundamental de CRISPR-Cas9 da Caribou Biosciences para uso na preparação de bibliotecas de sequenciamento de próxima geração (NGS).

O estudo liderado pela IDT, intitulado 'UNCOVERseq Enables Sensitive and Controlled Gene Editing Off-Target Nomination Across CRISPR-Cas Modalities and Systems', descobriu que o UNCOVERseq obteve 97,6% de sensibilidade analítica e 78% de precisão nos dois RNAs guia usados para comparação — a melhor combinação de sensibilidade e precisão entre os métodos avaliados. A pesquisa, conduzida com cientistas da Universidade da Califórnia, em São Francisco, criou um conjunto de dados de benchmarking entre métodos baseado na confirmação direcionada de possíveis sítios off-target, permitindo que o desempenho fosse avaliado em relação à edição observada empiricamente, em vez do tamanho da lista de candidatos de um método.

O estudo também define condições operacionais que influenciam a nomeação de off-targets, incluindo replicação biológica, entrada de DNA genômico, profundidade de sequenciamento, preparação de bibliotecas, critérios de alinhamento e controles de processo. Os pesquisadores descobriram que condições operacionais insuficientes podem limitar o desempenho do método, enquanto abordagens de baixa precisão podem gerar listas de candidatos extensas que aumentam o ônus, o tempo e o custo da confirmação downstream. A publicação ocorre enquanto a Food and Drug Administration (FDA) dos EUA considera uma minuta de orientação sobre o uso de sequenciamento de próxima geração e bioinformática em estudos de segurança não clínicos para produtos de edição de genoma humano; o estudo foi conduzido de forma independente e não representa orientação regulatória.

A Scribe Therapeutics participará da 29ª Reunião Anual da Sociedade Americana de Terapia Gênica e Celular (ASGCT), que ocorrerá de 11 a 15 de maio em Boston e virtualmente, e do 94º Congresso da Sociedade Europeia de Aterosclerose (EAS), que ocorrerá de 24 a 27 de maio em Atenas, Grécia. Na ASGCT, a Scribe fará duas apresentações orais e uma apresentação em workshop destacando avanços em suas tecnologias de edição de genoma ELXR e XE, incluindo DeepXE, uma plataforma de design CRISPR habilitada por IA para prever a eficiência de edição de terapêuticas baseadas em XE. No Congresso da EAS, a empresa apresentará dados pré-clínicos de última hora para o STX-1150, sua terapia de silenciamento epigenético direcionada à PCSK9, projetada para reduzir os níveis de colesterol da lipoproteína de baixa densidade (LDL-C) sem induzir alterações permanentes no DNA.

A Watchmaker Genomics anunciou uma licença não exclusiva com a Caribou Biosciences para certa propriedade intelectual fundamental de CRISPR-Cas9 para uso na preparação de bibliotecas de NGS. A empresa está utilizando a CRISPR-Cas9 como uma ferramenta de ligação programável e estequiométrica para abordar a normalização de bibliotecas, usando guias específicos de adaptadores para ligar bibliotecas prontas para sequenciamento de forma controlada e permitir a padronização das entradas de bibliotecas sem quantificação extensiva. O processo não destrutivo preserva a integridade e a complexidade da biblioteca, suporta re-sequenciamento ou ramificações de fluxo de trabalho, e é compatível com adaptadores existentes e fluxos de trabalho estabelecidos de pré-sequenciamento. A Watchmaker está ainda adaptando a estratégia como um componente central de uma solução completa de sequenciamento de genoma completo sem PCR, projetada para estudos populacionais em larga escala, triagem neonatal e aplicações em doenças raras.

A Scribe é uma empresa de biotecnologia que desenvolve tecnologias otimizadas baseadas em CRISPR e medicamentos genéticos in vivo, com programas iniciais direcionados a fatores de risco de doença cardiovascular aterosclerótica, como LDL-C elevado, lipoproteína(a) e triglicerídeos. A empresa formou colaborações estratégicas com a Sanofi e a Eli Lilly. A Watchmaker Genomics desenvolve ferramentas de alto desempenho para pesquisa genômica e aplicações clínicas, com foco em áreas como detecção de câncer, epigenética e biópsia líquida.