CRISPR技術の進展：オフターゲット検出のベンチマーク、新たなデータ、ライセンス契約
IDTの研究では、UNCOVERseqがCRISPRオフターゲット候補同定において97.6%の感度と78%の精度を達成した。Scribe TherapeuticsはASGCTとEASでSTX-1150を含む新たなデータを発表する予定だ。Watchmaker GenomicsはNGSノーマライゼーションのためのCRISPR-Cas9知的財産のライセンスを取得した。
最近の発表は、オフターゲット検出、治療開発、シーケンスワークフローにわたるCRISPR領域の顕著な進歩を浮き彫りにしている。Danaher社の一員であるIntegrated DNA Technologies（IDT）は、Nature Communications誌で査読付き研究を発表し、CRISPRオフターゲット候補同定のための新たな分析性能ベンチマークを確立した。同研究では、UNCOVERseqワークフローが、評価対象となった手法の中で最も高い感度と精度の組み合わせを達成したと報告されている。Scribe Therapeuticsも、今後の学会で改変CRISPRプラットフォームに関する新たなデータを発表する予定であることを明らかにした。Watchmaker Genomicsは、次世代シーケンス（NGS）ライブラリー調製に使用するための基礎的なCRISPR-Cas9知的財産のライセンスをCaribou Biosciencesから取得した。
IDT主導の研究（タイトル：『UNCOVERseq Enables Sensitive and Controlled Gene Editing Off-Target Nomination Across CRISPR-Cas Modalities and Systems』）では、UNCOVERseqが比較に使用された2つのガイドRNA全体で97.6%の分析感度と78%の精度を達成し、評価された手法の中で最も高い感度と精度の組み合わせを示した。カリフォルニア大学サンフランシスコ校の科学者らと共同で実施されたこの研究は、潜在的なオフターゲット部位の標的確認に基づく手法間ベンチマークデータセットを作成し、手法の候補リストの規模ではなく、経験的に観察された編集に対する性能評価を可能にした。
この研究はまた、生物学的反復、ゲノムDNA投入量、シーケンス深度、ライブラリー調製、アライメント基準、プロセス管理など、オフターゲット候補同定に影響を与える操作条件を定義している。研究者らは、不十分な操作条件が手法の性能を制限する可能性がある一方、低精度のアプローチは下流の確認負担、時間、コストを増大させる大きな候補リストを生成する可能性があることを見出した。この発表は、米国食品医薬品局（FDA）がヒトゲノム編集製品の非臨床安全性試験における次世代シーケンスとバイオインフォマティクスの使用に関するドラフトガイダンスを検討している時期に行われた。この研究は独立して実施されたものであり、規制ガイダンスを代表するものではない。
Scribe Therapeuticsは、5月11日から15日にボストンおよびオンラインで開催される第29回米国遺伝子・細胞治療学会（ASGCT）年次総会と、5月24日から27日にギリシャのアテネで開催される第94回欧州動脈硬化学会（EAS）コングレスに参加する。ASGCTでは、Scribeは2つの口頭発表と1つのワークショップ発表を行い、ELXRおよびXEゲノム編集技術の進歩を紹介する。これには、XEベースの治療薬の編集効率を予測するためのAI対応CRISPRデザインプラットフォームであるDeepXEも含まれる。EASコングレスでは、同社は、永久的なDNA変化を誘導せずに低比重リポ蛋白コレステロール（LDL-C）値を低下させるように設計された、PCSK9を標的とするエピジェネティックサイレンシング治療薬STX-1150の最新前臨床データを発表する予定である。
Watchmaker Genomicsは、NGSライブラリー調製に使用するための特定の基礎的CRISPR-Cas9知的財産について、Caribou Biosciencesとの非独占的ライセンス契約を発表した。同社は、CRISPR-Cas9をプログラム可能で化学量論的な結合ツールとして活用し、ライブラリーノーマライゼーションに対処している。アダプター特異的ガイドを使用してシーケンス準備完了ライブラリーを制御された方法で結合し、広範な定量化なしでライブラリー入力を標準化することを可能にする。この非破壊的プロセスは、ライブラリーの完全性と複雑性を維持し、再シーケンスやワークフローの分岐をサポートし、既存のアダプターおよび確立されたプレシーケンスワークフローと互換性がある。Watchmakerはさらに、大規模集団研究、新生児スクリーニング、希少疾患アプリケーション向けに設計された完全なPCRフリー全ゲノムシーケンスソリューションの中核要素としてこの戦略を適応させている。
Scribeは、アテローム性心血管疾患のドライバー（高LDL-C、リポ蛋白(a)、トリグリセリドなど）を標的とする初期プログラムを有し、最適化されたin vivo CRISPRベースの技術と遺伝子医薬を開発するバイオテクノロジー企業である。同社はSanofiおよびEli Lillyと戦略的提携を結んでいる。Watchmaker Genomicsは、がん検出、エピジェネティクス、リキッドバイオプシーなどの分野に焦点を当て、ゲノム研究および臨床応用のための高性能ツールを開発している。