신약 개발 특허 출원: 단백질 분해, 이온 통로 및 신규 타겟을 망라하다

2025년 4월부터 12월까지의 월간 특허 리뷰는 수천 건의 신약 개발 지식재산권(IP) 공개 사례를 기록했으며, 종양학, 면역학, 신경학 및 대사 질환 프로그램 전반에 걸쳐 매달 150건 이상의 주목할 만한 출원을 선별하여 강조했다.

표적 단백질 분해(TPD)는 여러 달에 걸쳐 주요한 치료 양식(modality)으로 부각되었다. Dark Blue Therapeutics는 2025년 12월에 MLLT1/3 분해제를 공개했다. Captor Therapeutics는 2025년 11월에 두 건의 특허 출원(WO2025233481A1 및 WO2025234887A1)을 통해 강력한 CRBN 모집 NEK7 분해제를 공개했다. 두 출원 모두 이소인돌리논(isoindolinone) 코어에 결합된 치환기에 의해 차별화되는 이소인돌리논/글루타리미드 CRBN 모집 유도체를 설명하고 있다. 두 신청서 모두에서 Captor는 S 입체 이성질체보다 R 입체 이성질체의 효능이 더 높다고 보고했다. WO2025233481A1에서 활성 입체 이성질체(화합물 X1)는 PBMC에서 라세미체(16.8 nM) 대비 4.2 nM의 DC50으로 강력한 NEK7 분해를 유도한 반면, 반대쪽 이성질체(화합물 X2)는 NEK7-HiBiT 분석에서 비활성이었다. WO2025233481A1에서는 R-피페리딘-2-일 입체 이성질체(화합물 A2)가 DC50 비교 시 라세미체보다 약 4배 더 강력한 것으로 설명되었다.

Captor는 임상 단계의 다중 타겟 분자 접착제(molecular glue) 화합물인 CT-01을 설명하고 있다. 이는 GSPT1, NEK7, SALL4를 분해하며, 간암 및 폐암에 대한 조직 특이성을 높이기 위해 전구약물(prodrug)로 개발되었다. Captor는 세포주 유래 및 환자 유래 간세포암(HCC) 제노그라프트(xenograft) 모델 전반에서 효능을 보고했으며, everolimus와 결합했을 때의 시너지 효과를 확인했다. 현재 이 프로그램을 HCC, 폐암 및 신경내분비종양(NET)을 대상으로 임상 1a/b상(NCT06994572)에 진입시켰다. Captor는 또한 두 가지 NEK7 중심 염증 프로그램을 나열했다. 하나는 뇌 침투가 가능한 신경 염증 화합물인 CT-02B(파킨슨병, 근위축성 측색 경화증, 다발성 경화증용)이며, 다른 하나는 전신 자가면역 프로그램 화합물인 CT-02S(예: 염증성 장질환, 통풍, 피부 질환용)다.

2025년 10월의 주요 사례에는 표적 단백질 분해 툴박스를 확장하는 Amphista의 FBXO22 매개 TEAD 분해제가 포함되었다. 2025년 5월 공개 사례에서는 CAMKK2 분해제가 특징적으로 다뤄졌다. 2025년 4월 출원에는 LRRK2 분해제, SARM1 억제제 및 CK1α 분해제가 포함되었다. Daiichi Sankyo는 2025년 11월에 SF1 길항제 및 SF1 타겟 헤테로비펑셔널(heterobifunctional) 분해제를 공개했다. Xizang/Haisco는 2025년 7월에 강력한 PARP1 헤테로비펑셔널 분해제를 출원했다.

저분자 화합물 프로그램은 다양한 메커니즘과 타겟을 아우른다. 2025년 12월 출원에는 변이 KRAS(G12V) 유도 암 모델에 대해 체내(in vivo) 효능을 가진 Insilico Medicine의 KRAS 억제제, 통증 치료를 위한 Biohaven의 TRPM2 길항제, 그리고 인류의 "다크 게놈"을 통해 암을 타겟하는 항바이러스 스캐폴드(scaffold)를 활용한 Rome Therapeutics의 LINE-1 RT 억제제가 포함되었다.

2025년 11월 공개 사례에는 치환된 사이클로알킬 및 헤테로사이클로알킬 억제제를 포함하는 SiteOne의 NaV1.8 통증 유관 IP, 그리고 저분자 아밀린(amylin) 및/또는 칼시토닌(calcitonin) 수용체 작용제 분야에서 IP 발자취를 넓히고 있는 Lilly의 사례가 포함되었다. Kymera는 선도적인 경구용 분해제 프로그램과 더불어 저분자 억제제를 통해 STAT6 전략을 확장했다.

2025년 10월 하이라이트로는 Septerna의 비펩타이드계 PTH1R 작용제, Kyorin이 최근 Novartis와 비만 세포/알레르기 분야의 적응증에 대해 거래를 체결한 후 처음으로 낸 MRGPRX2 길항제 특허 출원, 그리고 염증 및 골수성 질환 환경에서 TLR 및 IL-1R 경로 억제를 심화하도록 설계된 Rigel의 이중 IRAK1/4 억제제 군(chemotype) 등이 다뤄졌다.

2025년 9월 출원에는 이중 ARG1/2 억제를 위한 구아니딘 모사체로서의 보론산(AZ), mRNA 조절을 위한 공유결합 워헤드(warhead)로서의 에폭사이드(Arrakis Therapeutics), 고아 수용체(orphan receptor) GPR17을 타겟으로 하는 다발성 경화증 치료제(Roche, Myrobalan Therapeutics), 신경근 질환을 위한 이온 통로 억제제(NMD Therapeutics), 면역학 응용을 위한 Sitryx Therapeutics의 글루타미나아제 1 억제제 등이 포함되었다.

2025년 8월 특허 출원은 면역학, 항균제 및 MTAP 결핍 종양에서의 합성 치사(synthetic lethality)를 다루었다. 2025년 7월 공개 사례에는 거대고리 저분자 GLP-1R 작용제(Insilico Medicine), CNS 침투 NLRP3 인플라마좀 억제제(Ventus), 종양학 프로그램을 위한 전구약물 전략(GSK), 그리고 퇴행성 뇌질환의 새로운 타겟인 PLA2G15를 강력하게 억제하는 스캐폴드(Scenic)가 포함되었다.

2025년 5월에는 150건 이상의 주목할 만한 공개 사례 중 PKR 활성제, 17β-HSD13 억제제 및 Kv7.2/7.3 활성제가 특징적으로 나타났다. 2025년 4월 출원에는 항바이러스제와 다수의 표적 단백질 분해 프로그램이 포함되었다.

메커니즘적으로 NEK7 억제는 종종 NLRP3 인플라마좀 활성화를 차단하는 보완적 접근 방식으로 틀이 잡혀 왔다. 이는 세포 내 칼륨 유출 하류에서 NLRP3 조립/활성화의 주요 매개체로 NEK7을 가려낸 기초 연구들에 의해 뒷받침된다. 그러나 더 최근의 데이터는 NEK7이 NLRP3 활성화에 필수적이라는 단순한 모델에 의문을 제기하고 있다. 적어도 한 건의 NEK7 지향 분자 접착제 분해제 관련 보고서에 따르면, NEK7의 완전한 분해가 일어났음에도 불구하고 인간 면역 세포 및 전체 혈액에서 NLRP3 의존적 IL-1β 방출은 부분적이고 가변적으로만 억제되었으며, 그 효과는 기증자와 자극 조건에 따라 달라질 수 있는 것으로 나타났다. 이와 별도로, 또 다른 연구는 NEK7이 인플라마좀 활성화를 가속화할 수는 있지만 일부 실험 조건에서는 NLRP3 활성화에 필수적인 것은 아님을 시사한다. 종합해 볼 때, 이러한 결과들은 NEK7과 NLRP3의 관계가 상황 의존적(context-dependent)일 가능성이 높음을 시사한다.