La résistance aux antimicrobiens des bactéries d’origine alimentaire reste élevée en Europe

La résistance aux antimicrobiens (RAM) des bactéries d’origine alimentaire courantes comme Salmonella et Campylobacter continue de constituer un problème de santé publique dans toute l’Europe, selon un nouveau rapport conjoint de l’European Food Safety Authority (EFSA) et de l’European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Alors que la résistance aux antimicrobiens couramment utilisés demeure répandue chez des bactéries d’origine alimentaire comme Salmonella et Campylobacter, plusieurs pays ont signalé des progrès dans la réduction des niveaux de résistance chez l’humain et chez les animaux producteurs de denrées alimentaires.

Comme ces bactéries d’origine alimentaire peuvent se transmettre des animaux et des aliments à l’humain, provoquant des infections graves pouvant nécessiter un traitement antimicrobien, la poursuite des actions dans le cadre d’une approche One Health reste essentielle.

Une forte proportion de Campylobacter et de Salmonella provenant à la fois de l’humain et des animaux producteurs de denrées alimentaires continue de présenter une résistance à la ciprofloxacin, un antimicrobien important utilisé pour traiter des infections graves chez l’humain. Si la résistance chez Salmonella provenant d’animaux producteurs de denrées alimentaires est restée constamment élevée, la résistance dans les infections humaines à Salmonella a augmenté ces dernières années.

Cette tendance est préoccupante, car la résistance à la ciprofloxacin limite l’efficacité des options thérapeutiques disponibles. Pour Campylobacter, la résistance est désormais si répandue en Europe que la ciprofloxacin n’est plus recommandée pour le traitement des infections humaines. Afin de préserver son efficacité en médecine humaine, des restrictions ont été mises en place concernant son utilisation chez l’animal.

Dans toute l’Europe, une forte proportion de Salmonella et de Campylobacter provenant à la fois de l’humain et des animaux producteurs de denrées alimentaires ciblés présente également une résistance à des antimicrobiens couramment utilisés, dont ampicillin, tetracyclines et sulfonamides.

En outre, la détection de bactéries E. coli productrices de carbapénémases chez des animaux producteurs de denrées alimentaires et dans la viande dans plusieurs pays nécessite une attention particulière. Les carbapénèmes sont des antimicrobiens de dernier recours chez l’humain et ne sont pas autorisés chez les animaux producteurs de denrées alimentaires. Le nombre de détections signalées augmente, et les sources nécessitent des investigations supplémentaires.

Bien qu’une forte proportion de Salmonella et de Campylobacter provenant de l’humain et d’animaux producteurs de denrées alimentaires reste résistante à des antimicrobiens couramment utilisés, plusieurs pays ont rapporté au fil du temps une diminution de la résistance à certains antimicrobiens, montrant que des efforts ciblés peuvent faire la différence.

Pour Salmonella, la résistance des bactéries issues de l’humain à l’ampicillin et aux tetracyclines a diminué de manière significative au cours des dix dernières années dans 19 et 14 pays, respectivement. Des tendances positives ont également été observées chez les animaux producteurs de denrées alimentaires au niveau de l’UE, avec une baisse de la résistance aux tetracyclines chez les poulets de chair et une baisse de la résistance à l’ampicillin et aux tetracyclines chez les dindes.

Pour Campylobacter, la résistance à erythromycin, un traitement de première intention des infections à Campylobacter chez l’humain, a diminué dans plusieurs pays au cours de la dernière décennie, tant chez l’humain que chez certains animaux producteurs de denrées alimentaires.

Par ailleurs, la résistance combinée à des antimicrobiens d’importance critique — c’est-à-dire une résistance à plus d’un de ces antimicrobiens en même temps — demeure généralement faible chez Salmonella, Campylobacter et E. coli.

Les améliorations observées précédemment ont ralenti dans certains domaines, en particulier pour E. coli, où les niveaux de résistance à certaines substances chez la volaille se sont stabilisés plutôt que de continuer à diminuer. Toutefois, certains pays ont pu réduire la résistance aux antimicrobiens chez les animaux producteurs de denrées alimentaires, contribuant à une amélioration globale au niveau de l’UE.

Lorsque les bactéries deviennent résistantes aux antimicrobiens, les infections sont plus difficiles à traiter et les options thérapeutiques se raréfient. Les profils de résistance varient largement selon les pays, les bactéries et les antimicrobiens, reflétant des différences dans l’utilisation des antimicrobiens, ainsi que dans les pratiques d’élevage, les mesures de santé animale et les stratégies de prévention des infections.

Les conclusions s’appuient sur des données de RAM de 2023–2024 soumises par 27 États membres de l’UE, le Royaume-Uni (Irlande du Nord) et cinq pays hors UE, couvrant des bactéries provenant de l’humain, d’animaux producteurs de denrées alimentaires et de la viande, dans le cadre de la surveillance intégrée One Health de l’UE.

Ces résultats soulignent l’importance d’une approche One Health, reconnaissant les liens étroits entre la santé humaine, la santé animale et la production alimentaire. Si des progrès ont été réalisés dans certains domaines, l’utilisation continue et responsable des antimicrobiens dans tous les secteurs, associée à une prévention efficace des infections, à des mesures de santé animale et à des pratiques de sécurité alimentaire, reste essentielle pour ralentir l’émergence et la propagation de bactéries résistantes aux antimicrobiens et pour protéger la santé publique dans toute l’Europe.