研究がCAFの多様な線維化応答と新規DeCAF分類器を解明
2つの研究は、がん関連線維芽細胞（CAF）の不均一性を特徴づけた。1つは線維化促進刺激に対する異なるコラーゲンバイオマーカー応答を明らかにし、もう1つは膵臓がんにおけるCAFサブタイプと免疫療法応答を予測する単一検体分類器DeCAFを紹介する。
新たな2つの研究は、がん関連線維芽細胞（CAF）の不均一性の理解を深めるものである。1つはCAF間の異なる線維化応答とコラーゲンバイオマーカーを特定し、もう1つはCAFサブタイプと免疫療法応答を予測する単一検体分類器を開発した。
最初の研究はScientific Reportsに掲載された。研究者らは、最長12日間in vitroで培養した4種類のCAFによる3つの細胞外マトリックスタンパク質——I型（PRO-C1）、III型（PRO-C3）、VI型（PRO-C6）コラーゲン——の産生を評価した。細胞を線維化促進因子または炎症性因子（TGF-β1、PDGF-AB、IL-1α、IL-6）で刺激し、および/または抗線維化薬（ALK5i、Fresolimumab）で処理し、コラーゲン産生を競合ELISAで定量した。その結果、異なる線維化応答が明らかになった。2つのCAFは高い内在性線維化活性を示し、線維化促進刺激に対する追加応答性は最小限であった一方、他の2つのCAFは低い内在性線維化活性を示し、刺激によりPRO-C1、PRO-C3、PRO-C6が有意に増加した。TGF-β1はPRO-C3の主要な駆動因子であり、PDGF-ABはPRO-C6の主要な駆動因子であり、IL-1αとIL-6は3つのコラーゲンバイオマーカーに影響を与えなかった。ALK5iとFresolimumabによる抗線維化治療は、TGF-β1で上昇したコラーゲンバイオマーカーをベースライン以下まで効果的に低下させた。著者らは、これらの結果が細胞外マトリックスリモデリングにおけるCAFの不均一性を浮き彫りにし、個別化された治療戦略の必要性を強調するものだと指摘した。
2番目の研究はCell Reports Medicineに掲載された。UNC Linebergerの研究者らは、臨床的に頑健で、予後予測および免疫療法応答予測が可能なCAFサブタイプを定義し、DeCAFと呼ばれる単一検体分類器を開発した。CAFは膵管腺がん（PDAC）の腫瘍微小環境において重要な役割を果たし、腫瘍抑制性（restCAF）と腫瘍促進性（proCAF）の両方の特性を持つ主要な調節因子として機能する。シングルセルRNAシーケンシング、バルクRNAシーケンシング、空間トランスクリプトミクス、病理学、および臨床データを統合することにより、チームはPDAC腫瘍および他のさまざまながんにおいて患者の予後と治療応答を正確に予測できる特定の遺伝子ペアを特定した。この研究により、proCAF環境は攻撃的なbasal-likeサブタイプの腫瘍細胞および免疫抑制的な微小環境に関連し、一方restCAF優位はより良い生存および免疫チェックポイント阻害への感受性向上と相関することが明らかになった。
従来のクラスタリング手法とは異なり、DeCAFは異なるシーケンシングプラットフォーム間で安定した堅牢な単一検体ツールを提供し、患者固有の間質プロファイルに基づいて標的療法を選択するためのより精密な生物学的根拠を提供する。