Progrès dans le diagnostic de la tuberculose : tests portables, détection ultra-sensible de l'ADN et kits rapides de résistance aux médicaments

Trois développements récents dans le diagnostic de la tuberculose améliorent la capacité à détecter la maladie plus rapidement, plus précisément, et dans des contextes où les tests étaient traditionnellement difficiles ou indisponibles.

Une étude publiée dans le New England Journal of Medicine rapporte qu'un appareil portable appelé MiniDock MTB fournit des résultats de qualité laboratoire en moins de trente minutes, à partir d'un échantillon d'expectorations ou d'un simple frottis lingual. Des chercheurs de l'UC San Francisco, de l'UC Irvine et du Makerere University College of Health Sciences en Ouganda ont recruté près de 1 400 patients dans sept pays d'Afrique et d'Asie. Le test a atteint les objectifs de précision de l'Organisation mondiale de la santé et s'est avéré suffisamment simple pour que des agents de santé aient appris la procédure à partir des seules instructions imprimées. L'appareil fonctionne sur batterie, coûte environ 300 $, et chaque test revient à 3 ou 4 $. Il utilise la technologie moléculaire pour détecter l'ADN de Mycobacterium tuberculosis. Pour les patients incapables de produire des expectorations, notamment les enfants, les personnes âgées et les personnes vivant avec le VIH, l'option du frottis lingual est transformatrice. En mars, l'Organisation mondiale de la santé a émis sa première recommandation officielle pour les tests d'amplification des acides nucléiques quasi-instantanés, accompagnée de directives sur les frottis linguaux et une stratégie de regroupement d'expectorations. Le test donne ses meilleurs résultats chez les patients présentant des infections établies et pourrait manquer les cas précoces avec une faible charge bactérienne. Il ne permet pas non plus de distinguer la tuberculose ordinaire des souches pharmacorésistantes, un test de suivi reste donc nécessaire pour orienter le traitement.

Par ailleurs, des chercheurs du Postgraduate Institute of Medical Education and Research, Chandigarh ; du National Institute of Tuberculosis and Respiratory Diseases, New Delhi ; et d'autres institutions ont développé un kit Quick DNA qui réduit considérablement le temps nécessaire pour tester la tuberculose multirésistante. Au cœur de cette avancée diagnostique se trouve le Trans-Filter, une membrane conçue pour filtrer les bactéries de la TB et transformer des échantillons biologiques dangereux en données sûres et expédiables. Les chercheurs ont examiné plus de 1 800 patients pour tester ce nouveau système. Le processus commence par un échantillon d'expectorations du patient, qui est liquéfié et passé à travers le dispositif Trans-Filter. Les filtres sont stérilisés et séchés à l'air, emprisonnant l'ADN bactérien dans le papier filtre. Lors des tests, les membranes ont été stockées à des températures allant jusqu'à 50 °C (122 °F) pendant quatre semaines, l'ADN bactérien restant préservé. Une fois le filtre arrivé dans un laboratoire central, le kit Quick DNA utilise une lyse thermique — chauffage du filtre dans une solution tampon à 80 °C pendant cinq minutes — pour libérer l'ADN bactérien, qui est ensuite analysé par un test de sonde linéaire (Line Probe Assay) afin de détecter les mutations indiquant une résistance aux antibiotiques tels que la rifampicine ou l'isoniazide. Le kit réduit l'extraction d'ADN d'un processus en sept étapes prenant près d'une heure à une seule étape de cinq minutes. L'étude s'est principalement concentrée sur des échantillons à frottis positif avec une forte concentration bactérienne ; des recherches supplémentaires pourraient être nécessaires pour déterminer la sensibilité chez les patients à frottis négatif. Un petit sous-ensemble d'échantillons impliquant un gène spécifique, inhA, a montré une sensibilité moindre.

Dans une troisième ligne de recherche, un test moléculaire très sensible a détecté l'ADN de Mycobacterium tuberculosis dans une proportion surprenante de patients hospitalisés aux États-Unis, selon une étude publiée dans Nature Communications. Utilisant un test ultra-sensible capable de détecter la TB à des niveaux inférieurs aux limites des outils diagnostiques standards, une équipe dirigée par des chercheurs de l'Université de Boston a testé un ensemble de 146 échantillons respiratoires anonymisés collectés dans deux hôpitaux de Boston de mai à septembre 2013, ainsi que 50 échantillons témoins collectés de mai à juillet 2014. Ils ont également mené une étude clinique longitudinale portant sur 101 échantillons collectés de février à juin 2014. Le test PCR Totally Optimized TB a détecté l'ADN de la TB dans 12,3 % d'un premier ensemble d'échantillons, contre 2 % des échantillons témoins. Dans la cohorte de suivi, 15,8 % des échantillons étaient positifs. Un taux d'incidence de 12 à 16 % est bien supérieur aux prévisions, compte tenu du faible nombre de cas de TB à Boston. Soixante-quinze pour cent des patients ayant obtenu un résultat positif à l'ADN de la TB étaient âgés de 50 ans ou plus, ce qui correspond aux schémas américains où la TB est plus fréquente chez les personnes âgées. Quatre jeunes patients ont été testés positifs, dont trois partageaient un diagnostic de syndrome thoracique aigu, une complication potentiellement mortelle de la drépanocytose. Les chercheurs émettent l'hypothèse que ces résultats pourraient indiquer une forme de TB jusqu'alors non reconnue, appelée tuberculose paucibacillaire, dans laquelle les niveaux bactériens sont trop faibles pour être détectés par les tests conventionnels. Ces résultats pourraient être la preuve du « principe de l'iceberg », selon lequel les cas diagnostiqués représentent la pointe visible tandis que de nombreux autres cas restent cachés. Les auteurs notent que ces résultats nécessitent une confirmation par des études prospectives de plus grande envergure.